FlashDevelopでスタンドアローン版Flash Playerを自動で閉じる
【追記：2011年7月10日】
＃ OSがWindows XP Homeの場合は、まず『taskkill簡易版』を適用する。
メニューから「プロジェクト＞プロジェクト設定＞ビルドコマンド」を表示し、「ビルド前に実行するコマンドライン」に以下の記述をする。
taskkill /IM flashplayer_10_sa_debug.exe
イメージ名は、もちろん自分が使っているデバッグ版Flash Playerに合わせる（FlashDevelop付属のFlex SDKの場合、「FlashPlayerDebugger.exe」となっていることがある）。
プロジェクトごとに設定を行うのが面倒な場合は、プロジェクト用テンプレートを直接書き換える。
AS3 Project with Preloaderの場合
「C:\Program Files\FlashDevelop\Projects\130 ActionScript 3 – AS3 Project with Preloader」ディレクトリを開く。
そこにあるProject.as3projをテキストエディタで開く。
単純なXMLファイルなので、その最後のほうにある「<preBuildCommand />」を以下のように書き換える。
[xml]<preBuildCommand>taskkill /IM flashplayer_10_sa_debug.exe</preBuildCommand>[/xml]
注意点
あくまでビルド時に実行されるだけなので、FlashDevelopから直接swfファイルを立ち上げても、デバッガは起動されるが上記のtaskkillは実行されない。